Niezużyte jelita naturalne najlepiej włożyć do roztworu solnego lub zapeklować i przechowywać w zaciemnionym chłodnym pomieszczeniu, gdzie temperatura wynosi około 4°–8°C a wilgotność względna powietrza wynosi 85–90%.  Można też włożyć je do lodówki (3°–8°C). W żadnym wypadku nie powinno się natomiast mrozić jelit, jako, że ich elastyczność gwałtownie spada, co w konsekwencji prowadzić może do ich uszkodzenia. Również temperatura powyżej 14°C nie jest korzystna dla jelit naturalnych w dłuższym okresie - prowadzi to do rozwoju czerwienistości przez co jelita stają się śliskie i tracą na wytrzymałości.